Jonathan Evans wpadł w oko skautom Manchesteru United, kiedy wraz z bratem grał w irlandzkim Greenisland FC. Po przeprowadzce do Anglii młody Irlandczyk szybko piął się po kolejnych szczeblach Akademii Manchesteru United.
Nieoficjalny debiut w pierwszym składzie „Czerwonych Diabłów” odnotował w 2006 roku podczas towarzyskich spotkań Manchesteru United w Republice Południowej Afryki. Jonny tamtego lata wystąpił także w meczach z Celtikiem Glasgow i Preston North End.
W kolejnych latach Evans nabierał doświadczenia w innych klubach. Początkowo klub wypożyczył go do Royalu Antwerp gdzie grał wraz z Darronem Gibsonem, Dannym Simpsonem i Fraizerem Campbellem. Po półrocznym pobycie w Belgii Evans trafił do Sunderlandu.
W sezonie 2006/2007 był prawdziwą podporą drużyny Roya Keane’a, z którą awansował do Premiership. Sam Evans wygrał wówczas klubową nagrodę dla Najlepszego Młodego Zawodnika Roku. Keane choć wielokrotnie podkreślał chęć wykupienia Evansa z Manchesteru United, to sir Alex Ferguson ani myślał o tym słyszeć.
Oficjalny debiut Evansa w Manchesterze United nastąpił 26 września 2007 roku w meczu Pucharu Ligi z Coventry City. Później przyszedł czas na pierwszy mecz w Lidze Mistrzów z Dynamem Kijów.
W ligowym debiucie sir Alex Ferguson postanowił rzucić Evansa na głęboką wodę. 21 września 2008 roku Irlandczyk zagrał na środku obrony w spotkaniu z Chelsea zastępując zawieszonego za kartki Nemanję Vidicia. Jonny spisał się znakomicie, co zaowocowało kolejnymi występami w pierwszym składzie.
W sezonie 2008/2009 Evans z powodzeniem zastępował kontuzjowanych Nemanję Vidica i Rio Ferdinanda.
Evans na swoim koncie ma również doświadczenia reprezentacyjne. W kadrze Irlandii Północnej zadebiutował we wrześniu 2006 roku w zwycięskim spotkaniu z Hiszpanią.
